L'esclusiva e ramificata morfologia del porto naturale di Brindisi (a forma di testa di cervo) è il risultato dell'erosione operata dalla foce dei corsi d'acqua, oggi canale Cillarese che confluisce nel seno di ponente, e canale Palmarini-Patri a levante, che hanno formato una valle fluviale in cui si è insinuato il mare.
Corograficamente è suddiviso in tre bacini:
- Il porto medio, della superficie di 1.200.000 mq, si sviluppa nello specchio d'acqua racchiuso a nord dalla diga di Bocche di Puglia, che ne forma il relativo bacino, a ponente dal canale d'accesso al porto interno, detto Canale Pigonati, a sud dalla parte meridionale del Molo di Costa Morena;
- Il porto interno, della superficie di 727.000 mq, è formato da due diramazioni detti:
- "Seno di Ponente", adibito, ancora in parte a porto militare, lungo circa 1 ,5 km;
- "Seno di Levante" , con funzioni a porto commerciale, lungo circa 1 km.
Entrambi, larghi circa 200 metri, abbracciano a nord e a est la città "vecchia" di Brindisi.
L'esclusiva e ramificata morfologia del porto naturale di Brindisi è il risultato dell'erosione operata dalla foce dei corsi d'acqua, oggi canale Cillarese che confluisce nel seno di ponente, e canale Palmarini-Patri a levante, che hanno formato una valle fluviale in cui si è insinuato il mare. In passato vi era anche una terza diramazione del porto interno, un canale chiamato la Mena localizzabile sull'attuale Corso Garibaldi, che fu coperto nel XVIII secolo.
L'ansa portuale così formata nei secoli è stata in parte modificata nel suo aspetto originale dell'azione dell'uomo che nel tempo ha operato creando colmate, dighe e banchine. Anche nel porto esterno confluivano, sulla costa a sud, altri due grossi canali, denominati nel medioevo Delta e Luciana, conosciuti poi come Fiume Grande e Fiume Piccolo, oggi in parte ancora visibili a ridosso della zona industriale.
Banchine e Infrastrutture
Nel seno di levante del porto interno sono attive dieci banchine, tra cui Santa Apollinare, Punto Franco, Feltrinelli, Carbonifera (con il Terminal di Levante), Dogana e Centrale, per uno sviluppo di 1.925 metri lineari con fondali da 8,5 a 10 metri. Nel porto medio, destinato principalmente alle attività commerciali, vi sono le banchine di Costa Morena che si sviluppano per 1.170 metri, con profondità di 14 metri, e piazzali per 300.000 metri quadrati.
Sulla diga di Costa Morena si sviluppa il sistema per lo sbarco dei combustibili delle centrali termoelettriche di Brindisi sud e nord. A Punta delle Terrare sono operativi 270 metri di banchine per il traffico ro-ro.
Nel porto esterno vi sono i moli industriali con strutture utilizzate per lo sbarco di materie destinate agli stabilimenti del polo chimico industriale. Brindisi ha sempre avuto una storica funzione di cerniera, è stato per decenni lo scalo privilegiato di collegamento tra Italia, Grecia e Mediterraneo orientale.